全市疾病应急救助基金设立在市级。基金主要承担募集资金、向辖区内各类医疗机构支付疾病应急救治医疗费用的功能。
每年根据当地人口规模、上一年度本行政区域内应急救治发生情况等因素,确定当年基金筹资规模。财政部门根据基金运行和财力情况安排资金补助,并纳入财政预算。扩权试点县由省财政补助单独算账,合并拨付给市级疾病应急救助基金。鼓励社会各界向疾病应急救助基金捐赠资金。境内企业、个体工商户、自然人捐赠的资金按规定享受所得税优惠政策。
疾病应急救助基金采取“上级补助、市级管理、分级负责、缺口区县分担”管理模式。实行专项管理,专款专用,严禁任何形式的挪用、挤占和抵扣。